המוסד הוקם בשנת 1978 על ידי שמואל (סם) נאמן כארגון עצמאי ללא מטרות רווח, שנועד לזהות, לגבש ולנתח סוגיות מדיניות חיוניות להתפתחות המדעית והחברתית של מדינת ישראל, ולעודד דיון ציבורי מושכל שיקדם ויסייע בתהליך קבלת החלטות לאומיות.
המחקר במוסד שמואל נאמן כולל ניתוח מדיניות בנושאים בעלי חשיבות לאומית בתחומי מדע, הנדסה, טכנולוגיה, השכלה גבוהה, וחברה. צוות המוסד כולל מגוון רחב של מומחים מהאקדמיה ומהתעשייה. המוסד מפיק דוחות מחקר, מארח כנסים ומפגשים מקצועיים, ומעניק תמיכה לסטודנטים וחוקרים בתחומים רלבנטיים.